Es gibt bereits
GIMP-GAP was Funktionalität für 2D-Animation bereitstellt. Wenn ich mich recht entsinne gibt dieses Paket auch die Möglichkeit in echte Videoformate zu speichern und nicht nur in GIF.
Ich persönlich würde auch Python fürs skripten empfehlen, hängt aber von der persönlichen Programmierpräferenz ab.
Hier die GIMP Pyhton Doku.
Ansonsten kann ich auch den Tipp geben dass mit
Blender ebenfalls 2D-Animation möglich ist. Je nachdem was Du genau vorhast, könnte ein Mix aus GIMP und Blender sinnvoll sein.